Dominique Allainé
espace
Professeur
mail: 
tel. : +33(0)4 72 44 14 04
fax : +33(0)4 72 43 13 88
UMR CNRS 5558 – LBBE
Biométrie et Biologie Évolutive
UCB Lyon 1 – Bât. Grégor Mendel
43 bd du 11 novembre 1918
69622 VILLEURBANNE cedex
FRANCE
Projets
Mes recherches se situent dans le domaine de l’écologie évolutive et l’écologie du comportement en liens étroits avec la biologie et la dynamique des populations. Mon modèle d’étude est la marmotte alpine que j’étudie depuis 1990 dans une réserve naturelle gérée par le Parc National de la Vanoise. Travaillant en milieu protégé, mon approche est essentiellement corrélative.
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Les questions que je me pose relèvent de plusieurs thèmes :
1. Causes évolutives de la monogamie
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La monogamie est un système d’appariement relativement rare chez les mammifères qui sont plus volontiers polygynes. La formation d’un couple est centrale dans le concept de monogamie et je m’intéresse au processus de choix du partenaire. Je cherche à savoir si les femelles choisissent leur partenaire en fonction de caractéristiques génétiques absolues (qualité génétique) ou relatives (compatibilité génétique) et ce aussi bien à travers le génome entier ou à certains loci clés comme le Complexe Majeur d’Histocompatibilité (CMH). Je considère aussi bien le choix du partenaire social (l’individu avec lequel la femelle forme un couple) que le choix du partenaire sexuel (qui peut être différent du partenaire social). Je m’intéresse également aux mécanismes du choix : comment les femelles reconnaissent-elles un mâle de bonne qualité génétique ou un mâle présentant une compatibilité génétique adéquate. Pour cela, le rôle de l’odeur est central. Je m’intéresse enfin aux conséquences du choix sur les performances (notamment démographiques) de la descendance.
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2. Causes évolutives de la socialité
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Pour comprendre l’évolution de la socialité, je m’intéresse aux coûts et aux bénéfices de la vie en groupes sociaux. Le modèle biologique est la marmotte alpine qui vit en groupes familiaux composés d’un couple de dominants qui monopolisent (ou tentent de monopoliser) la reproduction, d’auxiliaires sexuellement matures (généralement les descendants du couple dominant) qui retardent leurs dispersion et ne se reproduisent pas, d’immatures de un an et de marmottons de l’année. J’étudie actuellement plus particulièrement l’influence de la taille et de la composition des groupes (en âge, en sexe et en relation de parenté) sur le succès reproducteur des dominants chez la marmotte alpine. Je cherche notamment à quantifier le coût pour les dominants de la compétition pour la reproduction entre dominants et auxiliaires du même sexe. Parallèlement, j’analyse les bénéfices de la présence d’auxiliaires sur le succès reproducteur des dominants.
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3. Traits d’histoire de vie et changements climatiques
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Plusieurs études ont montré l’influence de changements climatiques sur la distribution des espèces et ont cherché à prédire les distributions futures des espèces en réponse à ces changements. Il est cependant important de comprendre comment, par quels mécanismes, les changements climatiques affectent les populations. Les milieux extrêmes, comme les milieux de montagne ou les milieux polaires, sont très sensibles à ces changements. Je recherche les effets des changements climatiques sur les performances démographiques des individus (taille de portée, survie) mais aussi sur d’autres traits d’histoire de vie (poids, taille et composition des groupes sociaux) qui peuvent indirectement affecter les performances individuelles. Le modèle biologique est la marmotte alpine dans le vallon de la Grande Sassière.
Publications sur la marmotte alpine
Berger V., Lemaître JF., Dupont P., Allainé D., Gaillard JM. and Cohas A. (2016) Age-specific survival in the socially monogamous alpine marmot (Marmota marmota): evidence of senescence. Journal of Mammalogy, XX: 1-9. pdf
Berger V., Lemaître JF., Allainé D., Gaillard JM. and Cohas A. (2015) Early and adult social environments have independent effects on individual fitness in a social vertebrate. Proceedings of Royal Society B, 282:20151167 pdf
Lardy S., Allainé D. and Cohas A. (2013) Intrasexual competition and female dominance tenure in a singular breeding mammal, the Alpine marmot. Animal Behaviour, 86:1155–1163. pdf
Tafani M., Cohas A., Bonenfant C., Gaillard J.-M., Allainé D. (2013) Decreasing litter size of marmots over time: a life-history response to climate change? Ecology, 94:580–586. pdf
Tafani M., Cohas A., Bonenfant C., Gaillard J.-M., Lardy S., Allainé D. (2013) Sex-specific senescence in body mass of a monogamous and monomorphic mammal: the case of Alpine marmots. Oecologia, 172:427–436. pdf
Kuduk K., Johanet A., Allainé D., Cohas A., Radwan J. (2012) Contrasting patterns of selection acting on MHC class I and class II DRB genes inthe Alpine marmot (Marmota marmota). Journal of Evolutionary Biology, 25: 1686-1693. pdf. supporting information
Lardy S., Cohas A., Desouhant E., Tafani M., Allainé D. (2012) Paternity and dominance loss in male breeders : the cost of helpers in a cooperatively breeding mammal. PLoS One 7: e29508. doi:10.1371/journal.pone.0029508. pdf
Lardy S., Cohas A., Figueroa I., Allainé D. (2011) Mate change in a socially monogamous mammal: evidences support the “forced divorce” hypothesis. Behavioural Ecology, 22: 120-125. pdf
Cohas A., Allainé D. (2009) Social structure influences extra-pair paternity in socially monogamous mammals. Biology Letters, 5: 313-316. pdf
Cohas A., Bonenfant C., Kempenaers B., Allainé D. (2009) Age-specific effect of heterozygosity on survival in alpine marmots, Marmota marmota. Molecular Ecology 18: 1491-1503. pdf
Cohas A., Yoccoz N.G., Bonenfant C., Goossens B., Genton C., Galan M., Kempenaers B., Allainé D. (2008) The genetic similarity between pair members influences the frequency of extrapair paternity in alpine marmots. Animal Behaviour, 76: 87-95. pdf
Cohas A., Yoccoz N.G., Allainé D. (2007) Extra-pair paternity in alpine marmot (Marmota marmota): Genetic quality and genetic diversity effects. Behavioral Ecology and Sociobiology, 61: 1081-1092. pdf
Cohas A., Bonenfant C., Allainé D., Gaillard J-M. (2007) Are extra-pair young better than within-pair young? A comparison of survival and dominance in alpine marmot. Journal of Animal Ecology, 76: 771-781. pdf
Cohas A., Yoccoz N.G., Da Silva A., Goossens B., Allainé D. (2006) Extra-pair paternity in the monogamous alpine marmot (Marmota marmota): The roles of social setting and female mate choice. Behavioral Ecology and Sociobiology 55: 597-605. pdf
Da Silva A., Luikart G., Yoccoz N.G., Cohas A., Allainé D. (2006) Heterozygosity-Fitness-Correlation revealed by microsatellite analyses in European alpine marmots (Marmota marmota). Conservation Genetics, 7: 371-382. pdf
Allainé D. (2004) Sex ratio variation in the cooperatively breeding alpine marmot Marmota marmota. Behavioral Ecology, 15: 997-1002. pdf
Allainé D., Theuriau F. (2004) Is there an optimal number of helpers in alpine marmot family groups? Behavioral Ecology, 15: 916-924. pdf
Devillard S., Allainé D., Gaillard J-M., Pontier D. (2004) Does social complexity lead to sex-biased dispersal in polygynous mammals? A test on ground-dwelling sciurids. Behavioral Ecology, 15: 83-87. pdf
Da Silva A., Luikart G., Allainé D., Gautier P., Taberlet P., Pompanon F. (2003) Isolation and caractérisation of microsatellites in European alpine marmots (Marmota marmota). Molecular Ecology Notes, 3: 189-190. pdf
Farand E., Allainé D., Coulon J. (2002) Variation in survival rates of the monogamous alpine marmot (Marmota marmota) : effects of sex age year and climate factors. Canadian Journal of Zoology, 80: 342-349. pdf
King W., Allainé D. (2002) Social, maternal, and environmental influences on reproductive success in female Alpine marmots (Marmota marmota) Canadian Journal of Zoology, 80: 2137-2143. pdf
Goossens B., Chikhi L., Taberlet P., Waits L.P., Allainé D. (2001) Microsatellite analysis of genetic variation among and within alpine marmot populations in the French alps. Molecular Ecology, 10: 41-52. pdf
Allainé D. (2000) Sociality mating system and reproductive skew in marmots : evidence and hypotheses. Behavioural Processes, 51: 21-34. pdf
Allainé D., Brondex F., Graziani L., Coulon J., Till-Bottraud I. (2000) Male-biased sex ratio in litters of alpine marmots supports the helper repayment hypothesis. Behavioral Ecology, 11: 507-514. pdf
Bel M., Coulon J., Sreng L., Allainé, D., Bagneres A., Clement J. (1999) Social signals involved in scent-marking behavior by cheek-rubbing in Alpine marmots (Marmota marmota). Journal of Chemical Ecology, 25: 2267-2283. pdf
Goossens B., Graziani L., Waits L., Farand E., Magnolon S., Coulon J., Bel MC., Taberlet P., Allainé D. (1998) Extra-pair paternity in the monogamous Alpine marmot revealed by nuclear DNA microsatellite analysis. Behavioral Ecology and Sociobiology, 43: 281-288. pdf
Allainé D., Graziani L., Coulon J. (1998) Postweaning mass gain in juvenile alpine marmots Marmota marmota. Oecologia, 113: 370-376. pdf
King W., Allainé D.(1998) Copulatory behaviour of alpine marmots (Marmota marmota). Mammalia, 62: 439-441. pdf
Goossens B., Coulon J., Allainé D., Graziani L., Bel MC., Taberlet P. (1996) Immigration of a pregnant female in an alpine marmot family group: Behavioural and genetic data. Comptes Rendus de l’Academie des Sciences, 319: 241-246. pdf
Coulon J., Graziani L., Allainé D., Bel M.C, Pouderoux S. (1995) Infanticide in the alpine marmot (Marmota marmota). Ethology Ecology and Evolution, 7: 191-194. pdf
Allainé D., Rodrigue I., Le Berre M., Ramousse R. (1994) Habitat preferences of alpine marmots, Marmota marmota. Canadian Journal of Zoology, 72: 2193-2198. pdf
Perrin C., Allainé D., Le Berre M. (1994) Male intrusion and possible infanticide in alpine marmots. Mammalia, 58: 150-153. pdf
Perrin C., Coulon J., Le Berre M. (1993) Social behavior of alpine marmots (Marmota marmota) – Seasonal, group, and individual variability. Canadian Journal of Zoology, 71: 1945-1953. pdf
Le Projet Marmotte Alpine 